perl对应的gff文件格式是什么
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摘要: 对应的gff文件是下面的格式:1araport11gene36315899.+.ID=gene:AT1G01010;Name=NAC001;biotype=protein_coding1araport11mRNA36315899.+.ID=transcript:AT1G01010.1;Parent=gene:AT1G010101araport11five_p... ...
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(为您整理了一些要点),点击可以直达。对应的gff文件是下面的格式:
脚本在遇到gff文件第三列为gene时,匹配gene_id,但是不同的平台和软件gene_id对应的前缀也不一样,如上图所示前缀是ID=gene:,所以脚本匹配时是:
如果你的gff文件第八列gene_id对应的前缀也不一样,例如如下所示:
你就需要修改一下脚本,将匹配内容改为如下所示:
这样脚本才能正确匹配,提取信息。
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