如何计算lncRNA与基因的表达相关性
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摘要: 计算lncRNA 与基因的表达相关性在构建ceRNA 网络时,需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene (pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢?1. 首先获得lncRNA 的表达矩阵>head(lncRNA)lncRNA1lncRNA2lncRNA3lncRNA4lncRNA5sam17.805.816.406.11... ...
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在构建ceRNA 网络时,需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene (pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢?
1. 首先获得lncRNA 的表达矩阵
从lncRNA 的表达数据来看,是5个lncRNA 在100个样本中的表达量矩阵。
2. 获得 gene 的表达矩阵
从基因的表达矩阵来看,是4个基因在100个样本的表达量矩阵。
3. 计算lncRNA 与gene 的表达相关性
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