如何绘制circos图
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摘要: 数据准备绘制需要两项基本内容,其一是染色体信息文件(核型文件),主要目的是在图片上显示出染色体,并进行颜色等相关设置;其二是标签文字文件(文本text文件),主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。核型文件(chr.info)格式如下所示:chr-1Chr1030427671chr1chr-2Chr2019698289chr2chr-3Chr... ...
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绘制需要两项基本内容,其一是染色体信息文件(核型文件),主要目的是在图片上显示出染色体,并进行颜色等相关设置;其二是标签文字文件(文本text文件),主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。
核型文件(chr.info)
格式如下所示:
文件以TAB分隔,前两列可以不变,而需要注意第三列到最后一列的信息,第三列为染色体实际编号,第四列是图片上进行显示的编号,第五列表示染色体长度的起始,第六列对应染色体的终止,也就是最终长度,最后一列实际上控制的是染色体的颜色,chr1至chr5都对应不同的颜色。
text文件(text.txt)
文件格式如下(全部内容共24行,此处仅显示部分):
文件依然以TAB分隔,第一列表示标签文字(基因)出现的染色体实际编号,第二列第三列表示基因位于该染色体上的起止坐标位置,第四列是该基因的ID即在染色体上显示的文字。
绘图配置
进行circos绘图,需要依据最终目标整理配置文件,也就是对图片进行各种细节设置,以目标图片为例,配置文件(config.txt)如下:
命令行绘图
在安装软件之后,运行绘图命令,即可获得基础图片:
如何绘制circos图的详细内容,希望对您有所帮助,信息来源于网络。