如何绘制circos图(Circos,开发技术)

时间:2024-04-30 13:02:18 作者 : 石家庄SEO 分类 : 开发技术
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数据准备

绘制需要两项基本内容,其一是染色体信息文件(核型文件),主要目的是在图片上显示出染色体,并进行颜色等相关设置;其二是标签文字文件(文本text文件),主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。

核型文件(chr.info)
格式如下所示:

文件以TAB分隔,前两列可以不变,而需要注意第三列到最后一列的信息,第三列为染色体实际编号,第四列是图片上进行显示的编号,第五列表示染色体长度的起始,第六列对应染色体的终止,也就是最终长度,最后一列实际上控制的是染色体的颜色,chr1至chr5都对应不同的颜色。

text文件(text.txt)
文件格式如下(全部内容共24行,此处仅显示部分):

文件依然以TAB分隔,第一列表示标签文字(基因)出现的染色体实际编号,第二列第三列表示基因位于该染色体上的起止坐标位置,第四列是该基因的ID即在染色体上显示的文字。
绘图配置

进行circos绘图,需要依据最终目标整理配置文件,也就是对图片进行各种细节设置,以目标图片为例,配置文件(config.txt)如下:

命令行绘图

在安装软件之后,运行绘图命令,即可获得基础图片:

本文:如何绘制circos图的详细内容,希望对您有所帮助,信息来源于网络。
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