perl如何分离NR NT库
导读:本文共2289.5字符,通常情况下阅读需要8分钟。同时您也可以点击右侧朗读,来听本文内容。按键盘←(左) →(右) 方向键可以翻页。
摘要: 分离NR NT库,快速blast本地比对同源注释基因我们需要对自己的基因做注释,需要blast同源比对NCBI当中的NR NT库;通常做无参转录组,会组织出10几万的unigene ,如果比对全库的话,就太浪费时间了,我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开,可下载如下文件,然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库:wget-cftp://... ...
音频解说
目录
(为您整理了一些要点),点击可以直达。分离NR NT库,快速blast本地比对同源注释基因
我们需要对自己的基因做注释,需要blast同源比对NCBI当中的NR NT库;通常做无参转录组,会组织出10几万的unigene ,如果比对全库的话,就太浪费时间了,我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开,可下载如下文件,然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库:
perl脚本如下,由于脚本会把分类文件全部读入内存,所有脚本内存消耗较大,建议确保100G以上的内存空间:
本文:
perl如何分离NR NT库的详细内容,希望对您有所帮助,信息来源于网络。