Blast比对软件怎么用
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摘要： Blast比对软件大概是是短序列局部比对软件中最常用的一个了，但是其参数众多，一些参数一直没好好仔细研究过，如下：#### 增加blast比对结果信息blast的-outfmt参数，使blastp -help即可查看每个输出格式的信息，如下所示：***Formattingoptions-outfmt<String>alignmentviewopt... ...
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Blast比对软件大概是是短序列局部比对软件中最常用的一个了，但是其参数众多，一些参数一直没好好仔细研究过，如下：#### 增加blast比对结果信息
blast的-outfmt参数，使blastp -help即可查看每个输出格式的信息，如下所示：
其实我们一般常用的就是-outfmt 5或者-outfmt 6，前者输出XML格式，后者输出TAB分割格式；前者信息比较全，用处也相对比较广，而后者则是平时最为常用的格式（也是一些软件喜欢调用的格式）
TAB格式每列信息如下（可以对照上面的说明理解一下）：
但我们有时想要的并不止上述12列信息，比如我还想知道比对结果的覆盖度信息（qcovs：Query Coverage Per Subject）
其实只要在blast比对命令中先事先加上需要增加的列ID即可，如在outfmt 6基础上加上覆盖度信息：
注：需要几列就一直往上加即可，空格分割
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