linux下samtools如何安装(linux,samtools,开发技术)

linux下samtools安装指南

序列比对（将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对）是高通量测序数据分析中最重要的一环，无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的，比对结果格式比较常见的是sam和bam文件，例如转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件。

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件不可或缺的神器！

最近小编也在学习使用这款软件，但安装时却遇到了很大麻烦；由于安装前没有仔细查看安装文档，而是下载后直接就开始安装了，安装时一直报错，才发现samtools是依赖很多包的，所以小编在这里整理了一下安装步骤，也好方便大家安装。

首先看一下samtools需要安装哪些库或是包：

可以看到需要的包还是挺多的。没关系，我们一个一个安装即可。（小编将软件安在根目录下的biosoft目录。其中包或者库都是默认安装的，需要root权限，只有samtools是安装在/biosoft/samtools/samtools-v1.9下。）

下载并解压：

mkdir/biosoft/zlib
cd/biosoft/zlib
curl-Ohttp://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tarxvfzzlib-1.2.11.tar.gz
cdzlib-1.2.11

进入解压后的zlib目录，执行以下命令安装zlib

./configure
make
makecheck
makeinstall

在make install这一步，由于要把zlib安装到/usr/local/lib 路径下，所以可能需要root 权限。安装成功后，可以在/usr/local/lib下找到 libz.a。zlib安装较为简单，通常可以顺利的安装成功。

接下来要安装curses库，这里可以使用命令直接安装。

首先查看curses相关的安装包：

yumsearchcurses

搜索结果如下图所示：

找到这个安装文件ncurses-devel.x86_64，安装即可：

yum-yinstallncurses-devel.x86_64

再之后需要安装htslib包。

下载：

mkdir/biosoft/htslib
cd/biosoft/htslib
wgethttps://github.com/samtools/htslib/archive/develop.zip

解压:

unzipdevelop.zip
cdhtslib-develop

安装指令：

autoconf#Generatetheconfigurescript,ifneeded
./configure#Optional,neededforchoosingoptionalfunctionality
make
makeinstall

在./configure过程中可能会报错，原因是有些库或包没安装，根据报错信息提示的将缺失包安装即可。全部使用yum安装，以bzip2为例，系统提示缺失该库，yum search bzip2搜索相关安装包，如下：

yumsearchbzip2

在搜索结果中选择devel.x86_64结尾的文件进行安装，该安装包包含库的所有文件，如头文件等，而其余安装包只包含部分文件。

yum–yinstallbzip2-devel.x86_64

安装完成后，再./configure一次，如果提示缺少库或包，按照前面方法安装即可，直到全部安装成功，然后进行编译。

make

makeinstall

最后就可以安装samtools了，samtools官网地址：https://github.com/samtools/samtools

下载并解压：

mkdir/biosoft/samtools
cd/biosoft/samtools
wgethttps://github.com/samtools/samtools/archive/develop.zip
unzipdevelop.zip
mkdir samtools-v1.9
cdsamtools-develop

编译安装：

autoheader#Buildconfig.h.in(thismaygenerateawarningabout#AC_CONFIG_SUBDIRS-pleaseignoreit).
autoconf-Wno-syntax#Generatetheconfigurescript
./configure--prefix=/biosoft/samtools/samtools-v1.9#--prefix 添加安装路径
make
makeinstall

由于之前的准备工作都做完了，所以这时候安装samtools就会很顺利了，小编也没有再遇到任何的报错信息。到这里samtools的安装就完成了。