hmmsearch如何寻找相似序列
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摘要： hmmsearch寻找相似序列HMMER是基于隐马尔可夫模型，用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包，它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER更准确。再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch，用法如下：hmmsearch --domtblout Ensembl.t... ...
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hmmsearch寻找相似序列
HMMER是基于隐马尔可夫模型，用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包，它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER更准确。
再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch，用法如下：
hmmsearch --domtblout Ensembl.txt PF01535.hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa
输入文件PF01535.hmm为HMM模型。 比较序列文件可以是FASTA格式。
--domtblout：domtblout格式输出
结果按照E-values值从小到大排序，形式与blast类似。
其中target name是每个目标序列的名称；
query name是查询序列的名称；
score是比对得分，分值越高说明越相似；
E-value目标序列的期望值（统计意义）；
最重要的是E-value值，值越小，越可信，相当于一个统计量。
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