pacbio如何使用Iso-Seq 3进行数据分析
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摘要： pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3Iso-Seq 建库Iso-Seq的建库方案有如下三类：整个库都是一个样品的全长转录组，不需要加barcode区分样品不同样品的全长转录组，加上不同barcode ，可以放在一起进行建库测序一些靶向获得的部分基因也可以进行全长转录组的测序Iso-Seq 3进行数据分析Iso-Seq3 进行全长转录组的分... ...
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pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3
Iso-Seq的建库方案有如下三类：
整个库都是一个样品的全长转录组，不需要加barcode区分样品
不同样品的全长转录组，加上不同barcode ，可以放在一起进行建库测序
一些靶向获得的部分基因也可以进行全长转录组的测序
Iso-Seq3 进行全长转录组的分析
1 ccs(Circular Consensus Calling)
ccs 获取一致性的序列，要求每一条测序的reads至少有一端含有引物序列。
2 测序引物和barcode的去除
这一步是采用lima 来完成的，这个软件也是官方最新开发出来的程序，速度和准确度都较以往的算法有了很大的提升。还能够基于barcode序列区分不同的样品，
3 聚类(cluster)
聚类采用IsoSeq3 软件来完成，这一步会首先将ployA尾巴去除掉，并将连环结构去除掉，再对相似的序列进行聚类，最好形成全长的reads。
4 抛光(polish)
这一步主要是将聚类的转录本，合并成一个完整的一致性序列。
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